複数の戦略をまたいでポジションを相殺する機能はありますか?

戦略間の枚数(株数)相殺機能はiTRADEにございません。

なお、現状、ほぼ全てのバックテストアプリでも、戦略間の枚数(株数)相殺機能は搭載しておりません。
それは、資金管理が、複数戦略とまとめた戦略バスケット全体だけでなく、個々の戦略にも紐つけられているため、相殺をするには、複雑な資金管理システムが必要になることも、その理由のひとつだと思います。

全ての戦略が同じタイミングで売買する場合は、まだ比較的簡単ですが、これが売買タイミングが異なる戦略間での相殺となりますと、相当複雑な機能を必要とします。
エクセルでは簡単にできることも、実は通常のバックテストアプリでは、かなり難易度が高い機能になってしまいます。
逆に言いますと、資金管理機能を持っていない、簡易的なバックテストアプリ(戦略ごとに固定枚数のシグナルだけを発生させる)であれば、戦略間の枚数相殺はそれほど難しくないのかもしれません。

iTRADEには信用倍率などを設定することはできますか?

iTRADEには 最低現金維持率、信用倍率の設定ができます。
設定の例
・信用倍率 3倍
・最低現金維持率 40%
三菱UFJeスマート証券(旧社名:auカブコム証券)の場合25%ですが最低現金維持率を30~40%程度にしておく事で証拠金不足を防げます。また、個別株売買戦略の場合、iTRADEで資金制御をかけることができるので、銘柄数や、保有株数は戦略が自動的に決定します。