はい。iTRADEでシステムトレードをしながら、同じ口座で裁量トレードを行うのは可能ですが、

iTRADEで設定した金額はITRADE用にカブドットコム証券内で常に別途、確保されておく事を推奨いたします。

例1：口座に1000万円あり、iTRADEに500万円の設定でトレードを行い、残りの500万円を裁量トレードで行う。

例1の場合は宜しいのですが、

例2：口座に1000万円あり、iTRADEに500万円の設定でトレードを行いつつ、口座内に現金余力があったので800万円を裁量トレードで行う。

例2の場合はITRADEは設定どおり500万円あるものとしてトレードを行いますので、

想定リスクが大きくなったり、資金不足により仕掛けられなかったり、バックテストで意図した結果から乖離する可能性がありますので推奨致しません。