手仕舞いルール、稼働日経過日数の「以上」と「と同じ」の違いを教えてください。

「以上」でも「と同じ」でも計算結果及び動作も同じですが、例えば「1日前稼働日経過日数が5日以上」と設定したが、通信トラブル等が発生し稼働日経過5日目に手仕舞いが出来なかった場合、「以上」ですと6日目に手仕舞い出来ますが、「同じ」ですと保有したままになってしまいます。
その為、「以上」の設定の方が良いと思います。

iTRADEで実売買を行う際、三菱UFJeスマート証券（旧社名：auカブコム証券）でiTRADE以外の取引は可能ですか？

はい。iTRADEでシステムトレードをしながら、同じ口座で裁量トレードを行うのは可能ですが、

iTRADEで設定した金額はITRADE用にカブドットコム証券内で常に別途、確保されておく事を推奨いたします。

例1：口座に1000万円あり、iTRADEに500万円の設定でトレードを行い、残りの500万円を裁量トレードで行う。

例1の場合は宜しいのですが、

例2：口座に1000万円あり、iTRADEに500万円の設定でトレードを行いつつ、口座内に現金余力があったので800万円を裁量トレードで行う。

例2の場合はITRADEは設定どおり500万円あるものとしてトレードを行いますので、

想定リスクが大きくなったり、資金不足により仕掛けられなかったり、バックテストで意図した結果から乖離する可能性がありますので推奨致しません。

複数の戦略をまたいでポジションを相殺する機能はありますか？

戦略間の枚数（株数）相殺機能はiTRADEにございません。

なお、現状、ほぼ全てのバックテストアプリでも、戦略間の枚数（株数）相殺機能は搭載しておりません。
それは、資金管理が、複数戦略とまとめた戦略バスケット全体だけでなく、個々の戦略にも紐つけられているため、相殺をするには、複雑な資金管理システムが必要になることも、その理由のひとつだと思います。

全ての戦略が同じタイミングで売買する場合は、まだ比較的簡単ですが、これが売買タイミングが異なる戦略間での相殺となりますと、相当複雑な機能を必要とします。
エクセルでは簡単にできることも、実は通常のバックテストアプリでは、かなり難易度が高い機能になってしまいます。
逆に言いますと、資金管理機能を持っていない、簡易的なバックテストアプリ（戦略ごとに固定枚数のシグナルだけを発生させる）であれば、戦略間の枚数相殺はそれほど難しくないのかもしれません。